ジェネレーション：SEED-SPECIAL
| ■PHASE 01-SPECIAL 「その名はガンダム」 | |
| 味方出撃ユニット | ストライクガンダム（キラ）、メビウス<ゼロ>（フラガ） |
| 敵出撃ユニット | シグー（クルーゼ）、ジン×2、長距離強行偵察複座型ジン×3、ドム×3、グフ、ザクIIJ型×2 |
| アイテム | リペアキットB、ENパックB、強壮剤A、エンブレム「カメレオン」 |
| イベント | キラvsクルーゼ※キラのSAダウン フラガvsクルーゼ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 02-SPECIALが出現 | |
| ■PHASE 02-SPECIAL 「サイレントラン」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、エールストライク（キラ）、メビウス<ゼロ>（フラガ） |
| 敵出撃ユニット | ヴェサリウス（アデス）、ガモフ、イージスガンダム（アスラン）、デュエルガンダム（イザーク）、 バスターガンダム（ディアッカ）、ブリッツガンダム（ニコル）、ジン×5、ジン（重爆撃用D装備）×3、 シャア専用ゲルググ（シャア）、エルメス（ララァ）、ゲルググ×2、リックド・ム×3 |
| アイテム | マップ上：リペアキットB、ENパックB、強壮剤B、強壮剤、覚醒の思念、格闘マニュアル シャア専用ゲルググ（シャア）：エンブレム「赤い彗星」 |
| イベント | キラvsアスラン キラvsアスラン（2回目） キラvsイザーク フラガvsアデス マリューvsニコル マリューvsディアッカ※ディアッカのSAダウン |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 03-SPECIALが出現 ・OPパーツ「ガンダリウムγ」が購入可能になる |
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| ■PHASE 03-SPECIAL 「消えてゆく光」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、エールストライク（キラ）、メビウス<ゼロ>（フラガ） |
| 敵出撃ユニット | 長距離強行偵察複座型ジン×2、ジン×4 【敵全滅で出現】 シグー、ジン×2、ガーベラテトラ（シーマ）、ゲルググM×2 【増援全滅で出現】 イージスガンダム（アスラン）、シグー×3、ジン（重爆撃用D装備）×2、リックドムII×5、 ガンダム試作2号機（ガトー）、ヴァルヴァロ（ケリィ） |
| アイテム | マップ上：ENパックA、ENパックB、強壮剤、覚醒の思念、指揮マニュアル、エンブレム「キマイラ隊」 ガンダム試作2号機（ガトー）：エンブレム「ソロモンの悪夢」 |
| イベント | キラvsアスラン フラガvsアスラン※フラガのSAダウン マリューvsアスラン |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 04-SPECIALが出現 | |
| ■PHASE 04-SPECIAL 「宇宙に降る星」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、エールストライク（キラ）、メビウス<ゼロ>（フラガ）、 メネラオス（ハルバートン）、メビウス×4、250m級戦艦、130m級護衛艦 |
| 敵出撃ユニット | ヴェサリウス（アデス）、ガモフ、イージスガンダム（アスラン）、デュエルガンダムAS（イザーク）、 バスターガンダム（ディアッカ）、ブリッツガンダム（ニコル）、シグー×7、ジン×4 ローラシア級MS搭載艦、ハンマハンマ（マシュマー）、Rジャジャ（キャラ）、ガルスJ×2、 シュツルムディアス×2 |
| アイテム | リペアキットA、ENパックA、ENパックB、射撃マニュアル、整備マニュアル、覚醒の思念 |
| イベント | キラvsイザーク ハルバートンvsイザーク※ハルバートンのSAアップ フラガvsディアッカ※フラガのSAアップ、ディアッカのSAダウン |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 05-SPECIALが出現 ・OPパーツ「増設ジェネレータγ」が購入可能になる |
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| ■PHASE 05-SPECIAL 「砂塵の果て」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、エールストライク（キラ）、スカイグラスパー×2（フラガ、カガリ） |
| 敵出撃ユニット | レセップス（ダコスタ）、ラゴゥ（バルトフェルド）、デュエルガンダムAS（イザーク）、 バスターガンダム（ディアッカ）、バクゥ・M装備×2、ジン・オーカー×5、ザウート×4、 ザクIII（ラカン）、ドライセン×5、ガ・ゾウム×3、バウ×3（グレミー他）、ズサ×3、バクゥ・R装備×3、 中型陸上戦艦×3 |
| アイテム | リペアキットB、ENパックA、ENパックB、強壮剤、格闘マニュアル、操舵マニュアル、 エンブレム「キャプテンジオン」 |
| イベント | キラvsバルトフェルド※バルトフェルドのSAアップ キラvsイザーク※イザークのSAダウン フラガvsディアッカ※ディアッカのSAダウン カガリvsダコスタ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 06-SPECIALが出現 ・OPパーツ「耐・Bコーティングアーマー」が購入可能になる |
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| ■PHASE 06-SPECIAL 「閃光の刻」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、エールストライク（キラ）、スカイグラスパー×2（フラガ、トール） |
| 敵出撃ユニット | イージスガンダム（アスラン）、デュエルガンダムAS（イザーク）、バスターガンダム（ディアッカ）、 ディン（指揮官用）、ディン×2、バクゥ・M装備×3、ゾノ×3、グーン×3、ウイングガンダム（ヒイロ）、 ガンダムデスサイズ（デュオ）、ガンダムサンドロック（トロワ）、ガンダムヘビーアームズ（トロワ）、 シェンロンガンダム（ウーフェイ） |
| アイテム | マップ上：リペアキットB、ENパックB、強壮剤B、覚醒の思念、射撃アニュアル、操舵マニュアル ウイングガンダム（ヒイロ）：エンブレム「ヒイロ」 ガンダムデスサイズ（デュオ）：エンブレム「デュオ」 ガンダムサンドロック（トロワ）：エンブレム「カトル」 ガンダムヘビーアームズ（トロワ）：エンブレム「トロワ」 シェンロンガンダム（ウーフェイ）：エンブレム「ウーフェイ」 |
| イベント | キラvsアスラン※アスランのSAアップ キラvsイザーク※イザークのSAアップ フラガvsディアッカ※フラガのSAアップ マリューvsアスラン※アスランのSAアップ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 07-SPECIALが出現 ・OPパーツ「バリアフィールド」が購入可能になる ・OPパーツ「8（ハチ）」が購入可能になる |
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| ■PHASE 07-SPECIAL 「舞い降りる剣」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、スカイグラスパー（フラガ）、イージス艦×2、VTOL戦闘機×4 【4ターン目】 フリーダムガンダム（キラ） |
| 敵出撃ユニット | ゾノ×2、グーン×4、ゲドラフ×3（カテジナ他）、ディン・指揮官用×2、ディン×4、ゾロ×6、 トムリアット×6、ザウート×3、ジン×2、デュエルガンダムAS（イザーク） |
| アイテム | リペアキットB、ENパック、格闘マニュアル、指揮マニュアル、強壮剤B、エンブレム「Skull Troops」 ゲドラフ（カテジナ）：エンブレム「カテジナ」 |
| イベント | マリューvsイザーク キラvsイザーク フラガvsイザーク |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 08-SPECIALが出現 ・OPパーツ「オーバーロードチップ」が購入可能になる |
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| ■PHASE 08-SPECIAL 「決意の放火」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、フリーダムガンダム（キラ）、ジャスティスガンダム（アスラン）、 エールストライク（フラガ）、バスター（ディアッカ）、M1アストレイ×6（アサギ、マユラ、ジュリ他） |
| 敵出撃ユニット | レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、フォビドゥンガンダム（シャニ）、 イージス艦×3、ストライクダガー×9、リーオー・地上戦用×3、ビルゴ×6、トールギス（ゼクス）、 エアリーズ・指揮官用、エアリーズ×4、 |
| アイテム | リペアキットB、ENパックB、強壮剤B、覚醒の思念、指揮マニュアル、射撃マニュアル |
| イベント | キラvsクロト※クロトのSAアップ フラガvsオルガ※オルガのSAアップ マリューvsクロト※クロトのSAアップ アスランvsシャニ※シャニのSAアップ ディアッカが戦闘※ディアッカのSAアップ アサギ、マユラ、ジュリのいずれかが戦闘※アサギ、マユラ、ジュリのSAアップ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 09-SPECIALが出現 ・OPパーツ「プロペラントタンク」が購入可能になる |
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| ■PHASE 09-SPECIAL 「暁の宇宙へ」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル（マリュー）、フリーダムガンダム（キラ）、ジャスティスガンダム（アスラン）、 エールストライク（フラガ）、バスター（ディアッカ）、M1アストレイ×3（アサギ、マユラ、ジュリ） |
| 敵出撃ユニット | レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、フォビドゥンガンダム（シャニ）、 ストライクダガー×12、アッシマー×6（ブラン他）、ハイザック・指揮官用、ハイザック×2、 サイコガンダム（フォウ） |
| アイテム | リペアキットB、ENパックB、、覚醒の思念、格闘マニュアル、操舵マニュアル、トランク |
| イベント | キラvsシャニ※シャニのSAアップ アスランvsオルガ※アスラン、オルガのSAアップ フラガvsクロト※フラガ、クロトのSAアップ ディアッカが戦闘※ディアッカのSAアップ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 10-SPECIALが出現 | |
| ■PHASE 10-SPECIAL 「ラクス出撃」 | |
| 味方出撃ユニット | エターナル（ラクス）、フリーダムガンダム（キラ） |
| 敵出撃ユニット | ゲイツ・指揮官用×3、ゲイツ×5、長距離強行偵察複座型ジン、ジン×4、ゲーマルク（キャラ）、 ガズアル（ニー）、ガズエル（ランス）、ザクIII改（マシュマー）、リゲルグ（イリア）、ドライセン×5 |
| アイテム | リペアキットA、ENパックB、覚醒の思念、強壮剤A、射撃マニュアル、操舵マニュアル、 エンブレム「ハートアロー」 |
| イベント | キラが戦闘 バルトフェルドが戦闘 |
| クリア特典 | |
| ・捕獲枠が増加 ・PHASE 11-SPECIALが出現 ・OPパーツ「出力リミッター解除ユニット」が購入可能になる |
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| ■PHASE 11-SPECIAL 「立ちはだかるもの」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル、クサナギ、フリーダムガンダム（キラ）、ジャスティスガンダム（アスラン）、 M1アストレイ×3（アサギ、マユラ、ジュリ） |
| 敵出撃ユニット | ドミニオン（ナタル）、レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、 フォビドゥンガンダム（シャニ）、ストライクダガー×9、ガブスレイ×5（ジェリド、マウアー）、 マラサイ×4、メッサーラ（パプテマス）、サイコガンダムMK-II（ロザミア） |
| アイテム | リペアキットB、ENパックB、強壮剤B、整備マニュアル、指揮マニュアル ガブスレイ（ジェリド）：エンブレム「ジェリド」 メッサーラ（パプテマス）：エンブレム「パプテマス」 |
| イベント | キラvsナタル キラvsオルガ※オルガのSAアップ アスランvsシャニ※シャニのSAアップ クロトが戦闘※クロトのSAアップ マリューvsナタル |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 12-SPECIALが出現 ・OPパーツ「S・ナノ・スキン」が購入可能になる |
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| ■PHASE 12-SPECIAL 「たましいの場所」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル、エターナル、クサナギ、フリーダム（キラ）、ジャスティス（アスラン）、 エールストライク（フラガ）、バスター（ディアッカ）、M1アストレイ×3（アサギ、マユラ、ジュリ） |
| 敵出撃ユニット | 【敵軍】 ヴェサリウス（アデス）、シグー（クルーゼ）、デュエルガンダムＡS（イザーク）、ゲイツ×4、 ゲイツ･指揮官用×2、ブルッケング・指揮官用、ゲドラフ×2、コンティオ、リグシャッコー×2、 ザンネック（ファラ）、ナスカ級高速戦艦×2 【第3軍】 レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、フォビドゥンガンダム（シャニ）、 ドミニオン（ナタル）、ガンダムF91、Gキャノン×2、ジェガン×3 |
| アイテム | 強壮剤A、覚醒の思念、射撃マニュアル、整備マニュアル ザンネック（ファラ）：エンブレム「ファラ」 |
| イベント | キラvsシャニクロトが戦闘※シャニのSAアップ アスランvsオルガ※オルガのSAアップ ディアッカvsイザーク※イザークのSAダウン マリューvsナタル キサカvsクロト※クロトのSAアップ バルトフェルドvsクルーゼ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 13-SPECIALが出現 ・OPパーツ「バーサーカーシステム」が購入可能になる |
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| ■PHASE 13-SPECIAL 「悪夢は再び」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル、エターナル、クサナギ、フリーダムガンダム<ミーティア>（キラ）、 ジャスティスガンダム<ミーティア>（アスラン）、エールストライクガンダム（フラガ）、 バスターガンダム（ディアッカ） |
| 敵出撃ユニット | 【敵軍】 デュエルガンダムＡS（イザーク）、ゲイツ指揮官用、ゲイツ×5、ローラシア級MS搭載艦 【第三軍】 ドミニオン（ナタル）、レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、 フォビドゥンガンダム（シャニ）、メビウス（核ミサイル装備）×9、アガメムノン級戦艦×3、 ビルゴ×12 |
| アイテム | ENパックB、強壮剤A、覚醒の思念、射撃マニュアル、整備マニュアル |
| イベント | キラvsオルガ※オルガのSAアップ アスランvsナタル バルトフェルドvsクロト※クロトのSAアップ シャニvsイザーク※イザーク、シャニのSAアップ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 14-SPECIALが出現 ・OPパーツ「サイコ・フレーム改」が購入可能になる |
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| ■PHASE 14-SPECIAL 「終末の光」 | |
| 味方出撃ユニット | アークエンジェル、フリーダム<ミーティア>（キラ）、ジャスティス<ミーティア>（アスラン）、 ストライクルージュ（カガリ）、エールストライク（フラガ）、バスター（ディアッカ） M1アストレイ×3（アサギ、マユラ、ジュリ） |
| 敵出撃ユニット | 【敵軍】 プロヴィデンスガンダム(クルーゼ)、デュエルガンダムＡS（イザーク） 【第三軍】 ドミニオン（ナタル）、レイダーガンダム（クロト）、カラミティガンダム（オルガ）、 フォビドゥンガンダム（シャニ）、メビウス（核ミサイル装備）×10、ストライクダガー×3、 バイアラン×3（ジェリド他）、ハンブラビ×3（ヤザン）、バーザム×3、ガブスレイ×2、パラスアテネ、 |
| アイテム | 強壮剤B、覚醒の思念×2、指揮マニュアル ハンブラビ（ヤザン）：エンブレム「ヤザン」 バイアラン（ジェリド）：エンブレム「ジェリド」 |
| イベント | キラvsクルーゼ アスランvsクロト フラガvsクルーゼ※フラガ、クルーゼのSAアップ ディアッカvsオルガ マリューvsナタル※ナタルのSAアップ イザークvsシャニ※イザーク、シャニのSAアップ カガリが戦闘※カガリのSAアップ |
| クリア特典 | |
| ・PHASE 15-SPECIALが出現 | |
| ■PHASE 15-SPECIAL 「終わらない明日へ」 | |
| 味方出撃ユニット | フリーダムガンダム（キラ）、エターナル、クサナギ |
| 敵出撃ユニット | 【敵軍】 プロヴィデンスガンダム（フラガ）、ローラシア級MS搭載艦×2、ビルゴII×12、ゲイツ・指揮官用、 ゲイツ×4、ガンダムエピオン（ミリアルド） 【第三軍】 ガンダムアクエリアス×2、サーペント×6、ストライクダガー×4 |
| アイテム | リペアキットB、ENパックB、強壮剤A、覚醒の思念、格闘マニュアル、射撃マニュアル ガンダムエピオン（ミリアルド）：エンブレム「ミリアルド」 |
| イベント | キラvsクルーゼ※キラ、クルーゼのSAアップ キラvsクルーゼ（2回目）※キラ、クルーゼのSAアップ バルトフェルドvsクルーゼ |
| クリア特典 | |
| ・プレイヤー軍のチャンスステップ発生率が100%になる ・エンブレム「ハロ」を入手 ・OPパーツ「ガンダムニュウム合金」が購入可能になる |
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